유전자 조작으로 뛰어난 신체 능력과 두뇌를 갖춘 코디네이터와 자연 그대로 태어난 인류 내츄럴이 여전히 서로를 증오하는 시대. 엇갈린 이념과 충돌로 인해 끊임없이 전쟁은 지속된다. 사태를 진정시키고자 라크스를 초대 총재로 한 세계평화감시기구 컴퍼스가 창설되고, 키라와 부대원들은 컴퍼스의 일원이 되어 각지에서 벌어지는 전투에 참여한다. 하지만 신흥국 \\\'파운데이션\\\'이 반코디네이터 조직인 블루 코스모스 공격을 제안하면서 우주는 또 다른 불길에 휩싸이게 되는데...